高尾山位于暖温带和冷温带气候的交界处，因此两种气候带的植物在此混杂生长。山中野生植物种类繁多，随着四季变换，游客可观赏到各类花朵的缤纷芳姿。高尾山中已确认的植物种类多达1600余种，数量与英国全国的野生植物种类相匹敌。在高尾山首次发现的植物亦是种类丰富，包括高尾紫罗兰及高尾糙毛蓝刺头等在内，约60种之多。