虽紧邻东京市中心中心，除了周边的杉树、桧树等人工林以外，高尾山仍保留有丰富的野生林木资源。南侧斜面生长着橡树等常绿阔叶树，北侧斜面则生长着山毛榉等落叶阔叶树。 如此丰富的植被给各种生物提供了良好的生存环境，日本松鼠和鼹鼠等约十几种的动物在此生息，探寻着它们漫步也是高尾山的一大乐趣。